В условиях политического давления
В августе 1946 года вышло постановление ЦК ВКП (б) "О журналах «Звезда» и «Ленинград»". Началась новая волна преследований интеллигенции в Казахстане. На деятелей искусства, литературы, ученых начались безосновательные политические репрессии.
В 1947 году в специальном постановлении ЦК КП (б) Казахстана «О грубых политических ошибках в работе Института языка и литературы Академии наук Казахской ССР» без достаточного основания были обвинены в национализме и его «экспорте» Е. Исмаилов, М. Ауэзов, К. Жумалиев, С. Муканов и другие. Были объявлены лженаучными взгляды крупнейшего историка республики А. Маргулана.
В Ленинграде было сфабриковано «ленинградское дело», а в Москве «дело врачей». В Казахстане началось «дело Бекмаханова». Ермухан Бекмаханов в годы войны в составе коллектива ученых, куда входили известные историки А. П. Кучкин, А. М. Панкратова, Б. Д. Греков, Н. М. Дружинин и другие, работал над «Историей Казахской ССР», которая была опубликована в 1943 году, в 1947 году Е. Бекмаханов подготовил монографию «Казахстан в 20–40 годы XIX века».
В этой книге авторы рассматривали восстание под руководством Кенесары Касымова как национально-освободительную борьбу казахского народа против колониальных претензий Российской империи. Такая оценка антиколониальных восстаний вызвала в научной среде ожесточенные дискуссии. Взгляды ученого были объявлены националистическими и политически вредными. 4 декабря 1952 года Е. Бекмаханов был осужден на 25 лет. Лишь после смерти И. Сталина дело по обвинению Е. Бекмаханова было пересмотрено и прекращено за отсутствием состава преступления. Весной 1954 года он вернулся в Казахстан.
26 декабря 1950 года в газете «Правда» вышла статья Ермухана Бекмаханова «За марксистско-ленинское освещение вопросов Истории Казахстана». Это статья положила начало официальному политическому обвинению. 10 апреля 1951 года вышло постановление «О буржуазно-националистическом взгляде Бекмаханова».
В 1940-1950 годы было очень мало казахской интеллигенции, которая не подверглась обвинению. Ученые, писатели, культурные деятели - М.Ауэзов, К.Сатбаев, К.Жумалиев, С.Муканов, А.Жубанов, Е.Исмайылов, Ю.О.Домбровский, Қ.Бекхожин, С.Бегалин, Б.Сулейменов, И.Кенесбаев. Выдающиеся ученые К. И. Сатпаев, писатель Ю.Домбровский и М. О. Ауэзов из-за гонений были вынуждены уехать из Казахстана.
В 1940–1950 годах целый ряд ученых — обществоведов, биологов, медиков и геологов, обвиненных в «безродном космополитизме», были изгнаны из научных учреждений и кафедр вузов республики. Политическим обвинениям подверглись ученые А. Жубанов, Х. Жумалиев, Б. Сулейменов, писатель Ю. О. Домбровский и другие.