Завершение колониального захвата Казахстана Россией и его последствия
После победы над кокандцами Царская империя ввела ряд политических изменений по укреплению их власти среди казахов. Они усилили военных в Илийском районе, взяли под контроль караванные пути и торговлю. Отряд подполковника Шайтанова состоял из 800 русских и 100 казахов. Они направились в сторону в долины реки Чу. Сураншы батыр, Шаян батыр, Жайнак би встретили русский отряд с почетом. В 1859 году на границе Старшего жуза и северной части Киргизии была построена крепость Кастек. Она считалась опорой Российской власти в этих территориях и была преградой для кокандской армии.
Весной 1854 года отряд М. Д. Перемышельского на месте средневекового поселения Алматы возвел фундамент укрепления Верный. Осенью 1854 года в укреплении разместилось 470 солдат и офицеров, в 1855 году были переведены 400 семей из Сибири, разместившиеся в станице Большая Алматы. В 1856 г. в Верном появились переселенцы, прибывшие из Воронежской и других губерний Центральной России. В 1855 году резиденцию приставства Старшего жуза из Капала перевели в Верный, что превратило его в главное поселение Семиреченского края В 1957 году в районе Татарской слободки была построена первая водяная мельница, в 1858 г. — первый пивоваренный завод, положивший начало местной обрабатывающей промышленности. В 1860 году отряд под командованием полковника Циммермана вошел в Чуйскую долину.
26 августа был взят Токмак, 4 сентября после 5-дневной осады — Пишпек. Несмотря на поражение Кокандский хан направил в сторону Верного два отряда численностью в 22 тыс. человек. Казахские правители разделились на две части: а) склонившиеся на сторону сына Кенесары - султана Садыка - они боролись против русских войск; б) поддерживавшие царскую администрацию, противостояли Кокандскому хану. 19–21 октября 1860 года вблизи Узун-Агаша кокандцы были разбиты русскими войсками, во главе которого был правитель Алатауского округа Г. А. Колпаковский. Русские в Узун-Агашской битве потеряли 2 человека убитыми и 32 ранеными, а кокандцы оставили на поле боя свыше 400 человек. Значение Узун-Агашской битвы — освобождение Семиречья от кокандского ига. В конце 1863 года Александр II, на которого большое влияние оказывал военный министр Д. А. Милютин, дал приказ с захватом в кольцо соединить территории до реки Арыс и взять Туркестан, Аулие-Ату и Шымкент. Мощное наступление началось весной 1864 года.
В мае из Верного вышли войска под командованием полковника Черняева, которые 4 июня 1864 г. штурмом взяли Аулие-Ату. Войска полковника Веревкина, выступившие из форта Перовского (Ак-Мечеть), 12 июня заняли город Туркестан, бывшую столицу Казахского ханства. Отряд Черняева, с согласия командующего войсками Западной Сибири Дюгамеля, направился в Шымкент. Против него кокандский правитель Алимкул безрезультатно пытался заключить союз с Хивой и Бухарой. Отряд Черняева, выступивший со стороны Туркестана, и отряд Ларке, прибывший из Аулие-Аты, вышли на штурм и 22 сентября 1864 г. ворвались в Шымкент. 17 июня 1865 года русские войска штурмом овладели крупным политическим и экономическим центром всего Туркестана — Ташкентом.
Весной 1866 года русские войска достигли территории Бухарского эмирата, и к осени захватили владения бухарского эмира. В 1867 году эти земли вошли в состав созданного Туркестанского генерал-губернаторства. По февральскому соглашению 1868 года территория Кокандского ханства и земли казахов, ранее зависимые от Коканда, отошли к Российской империи и были подчинены Туркестанскому генерал-губернаторству. В 1873 году подчинение Хивинского ханства России означало полный выход казахов из-под его власти и вхождение их в Российскую империю.